Εκτός από την κάμερα του Juno, όλα τα επιστημονικά του όργανα βρίσκονταν σε λειτουργία. Έγιναν μετρήσεις με σκοπό να μελετηθεί το πως η ιονόσφαιρα της Ευρώπης αλληλεπιδρά με το μαγνητικό πεδίο του Δία, αλλά έγινε και προσπάθεια να καταγραφούν πίδακες νερού που εκτοξεύονται από το εσωτερικό του δορυφόρου, διαμέσω των ρωγμών στην επιφάνεια του. Το Juno επίσης έκανε σχετικές μετρήσεις με σκοπό να υπολογιστούν η θερμοκρασία και η σύσταση της παγωμένης επιφάνειας της Ευρώπης, κάτι που γίνεται για πρώτη φορά για τον συγκεκριμένο δορυφόρο. Όλες αυτές οι μετρήσεις πρόκειται να βοηθήσουν στον σχεδιασμό της επόμενης αποστολής Europa Clipper, που αναμένεται στον δορυφόρο το 2030.

Η αρχική αποστολή του Juno ήταν να μελετήσει τον Δία. Ωστόσο, αφού ολοκλήρωσε τους στόχους του με απόλυτη επιτυχία, η αποστολή επεκτάθηκε με σκοπό να μελετήσει και τους δορυφόρους Γανυμήδη - από τον οποίο έχει ήδη κάνει το πρώτο κοντινό πέρασμα, καθώς και τις Ευρώπη και Ιώ.